当前非常有必要科学认识农村环境保护新形势，特别是要分析好农村环境保护面临的新挑战，积极引导农村环境保护的健康发展。
一是问题挑战。比如，有色金属产业地区的重金属排放超出土壤承载力，化学农业的氮、磷超出地表水体承载力，部分地区牲畜的饲养量超出草原生态承载力等问题大量存在，农村环境保护压力较大。同时，农民环境意识逐步增强，对于环境问题的关注以及环境诉求会明显提高。
二是形势挑战。我国正在完善农村土地经营权流转，农村环保工作将面临农业生产方式规模化、农村农民组织化等新的形势挑战。随着新型城镇化战略的推进，农村地区的投资增大，基础设施建设将造成巨大生态压力。同时，随着农村环境整治工作的推进，农村生态与环境修复工程和镇村污染治理设施快速发展，给农村环境保护工作带来了新的监管挑战。此外，在生态文明环境绩效考核的压力下，县乡级人民政府也将面对农村环境保护工作高要求的压力。
三是资金挑战。未来一段时期农村环境保护工作将迎来基础设施建设的高峰，带来巨大的建设资金筹措压力。同时伴随着大批环境污染治理设施的建成，其运营管理将产生大笔费用，农民及农业生产自身经济能力较弱，无力承担这项支出，可能严重依赖县乡级财政，更加剧了县乡级政府的资金挑战。
四是制度挑战。《环境保护法》加强了农村环境保护的规定，明确农业部门在秸秆、畜禽粪便处置等方面的指导职责，明确了住建部门在农村污水和生活垃圾治理等方面的职责。此前，很多时候是由环保部门直接面对农民开展工作，直接参与甚至主导农村污水和生活垃圾基础设施建设。而当下，如何有效开展农村环境综合治理便成为环保行政主管部门面临的制度性挑战。
