作为全国首个跨省流域的生态补偿机制，“新安江生态补偿机制”展现了上下游沟通联动，共护一江清水的成果。多年来，新安江跨省断面水质连年达到补偿标准，跃居成全国水质最好的河流之一。皖浙两省联合监测的公开数据显示，迄今新安江上游流域总体水质为优，下游的千岛湖湖体水质总体稳定保持为Ⅰ类。而在过去的6年时间里，总体水质为优，达到二类地表水标准，试点环境效益逐渐显现。
从2011年起，财政部、环保部牵头启动了新安江流域生态补偿机制试点，用6年时间，两轮试点，总投入超过34亿元。首轮试点设置补偿基金涉及上游的黄山市、宣城市绩溪县和下游的杭州市淳安县。在考核方式上，以皖浙两省跨界断面水质高锰酸盐、氨氮、总磷、总氮4项指标来加权，综合测算出补偿指数。以断面考核为依据，建立奖惩分明的生态补偿机制，将环保责任与经济挂钩，打通了横向生态补偿的技术障碍。
在新安江流域生态补偿机制试点中，最大的亮点就是皖浙两省的“对赌”。每年5亿元，其中中央财政3亿元、皖浙两省各出资1亿元。年度水质达到考核标准，浙江拨付给安徽1亿元，否则相反。而“亿元对赌水质”的制度设计，也开启我国跨省流域上下游横向补偿的“新安江模式”。此后，首轮试点的绩效评估认为，千岛湖营养状态出现拐点，与新安江上游水质变化趋势保持一致。
2015年9月，中央、国务院印发《生态文明体制改革总体方案》，明确提出“继续推进新安江水环境补偿试点”，标志着新一轮补偿试点工作正式实施。第二轮试点按照“分档补助、好水好价”标准，提高了资金补助的标准，中央资金3年总额度还是9亿元，分别按4亿、3亿、2亿的退坡方式进行补助，实现环境同治、成本共担，效益共享。也正基于此，一条经济发展和环境保护协调融合的发展道路正越走越宽。
而从1.0版本升级为2.0版本，绝不仅仅是时间上的延续，也不只是投入的增加，而是更加全面的、深度的合作。皖浙两省各增加1亿元，主要用于安徽省内两省交界区域的污水和垃圾治理，特别是农村污水和垃圾治理。在水质不断向好的同时，考核标准提高了8%左右，水的监测点从10个增加到44个，监测项目也从原来的近30项增加到百余项。